Най-характерните причинители на болести по рапицата причиняват сухо стъблено гниене, гниене на кореновата шийка (Phoma lingam), кореново гниене и склеротония (Sclerotinia sclerotiorum), алтернариоза по чушките и листата (Alternaria brassicae), листни петна (Cylindrosporium concentricum). Други гъбични болести, като напр. мана (Peronospora parasitica), (Pseudocercosporella capsellae), сиво гниене (Botrytis cinerea), вертицилипно увяхване (Verticilium dahliae), (Plasmodiophora brassicae) също увреждат рапицата.
Най - важният причинител на болести по рапицата Phoma lingam (Leptosphaergia maculans) може да се намери във всички по - големи площи, засети с рапица. Способен е да причини гниене на кореновата шийка и сухо стъблено гниене, полягане и пречупване на стъблата, преждевременно узряване. Според наблюденията първите признаци се забелязват в края на септември - началото на октомври. Силата на заразяването може да се променя значително, в зависимост от годината, но всяка година се забелязва разликата между третираните и нетретираните рапични посеви. С есенното, респ. есенно - пролетно третиране се намалява в значителна степен, както честотата, така и силата на заразяването. С отслабването на посева причинено от болести се увеличава и опасността от измръзване. По директен и индиректен начин патогените могат да причинят и загиване на растенията. Като заразяват стъблото и чушките, те намаляват асимилиращата повърхност на листата и нанасят двойна вреда - не само намаляват добива, но и понижават масленото съдържание.